Ubuntu に含まれている MySQL 及び InnoDB Plugin のバージョン
と、いうことで InnoDB Plugin を使いたかったら Ubuntu 9.04 では MySQL 公式サイトからパッケージを持ってくるか、ソースからビルドしないといけないです。
Ubuntu 10.04 LTS ではパッケージに含まれていますので、そのまま使えます。ただし、調べていたら、http://d.hatena.ne.jp/sh2/20091120 のコメント欄に InnoDB Plugin 1.0.5 はまだ危なそうな感じで書いてあったので、自分は公式のソースコードの最新版を落としてきてビルドして使っています。
configure オプションは、mysqlbug コマンドを実行すると最下部に現在入っているパッケージのものが確認できますので、それのプラグイン指定の箇所だけ書き換えて指定しています。